星火计划在各级政府的领导下,实行国家、省(指省、自治区和部门,简称 省)、地、县分级管理。国家科学技术委员会星火计划办公室是全国星火计划的归口管理部门,负责制定全国星火计划有关方针、政策、发展战略和中长期发展规划,编制年度国家级星火项目计划,指导、协调全国星火计划实施工作。各省 、地、县科学技术委员会都没有星火计划管理机构,负责本地区、本部门、本行业星火计划有关方针、政策、发展战略和中长期发展规划及组织评审、申报项目 等管理工作。
星火计划坚持先进适用的技术选择标准,按技术先进、投资少、见效快的原则选择星火项目。项目一般由企业申报并承担,但企业必须保证有1-2个研究、开发机构做为其技术依托单位。星火计划的资金筹集实行地方为主、贷款为主、企业自筹为主、国家适度引导,调动各方财力支持该计划的实施,力求引导农 村的技术开发走自我发展的道路。